Znajduje się na rynku w centrum miasta. Został wybudowany przez joannitów w XIV w. wzniesiony na miejscu XIII-wiecznej świątyni granitowej.  Wśród wielu interesujących zabytków wewnątrz kościoła na szczególną uwagę zasługują m.in. dwa epitafia wmurowane w ścianę przy wyjściu z zakrystii w nawie głównej: Epitafium nagrobne burmistrza Mikołaja Rebentischa z XV w. , oraz
epitafium nagrobne kolatorki Elżbiety von Schack z 1787 r., fundatorki dachu kościoła jw.,W bocznej ścianie prezbiterium znajduje się najciekawszy i najcenniejszy z zabytków Choszczna – „Drzewo Jessego” z rodowodem Chrystusa. W środku wyobrażenia umieszczono ukrzyżowanego Chrystusa, a po jego bokach postacie św. Marii, patronki miejscowego kościoła, oraz św. Jana – opiekuna Joanitów. Choszczeńskie „Drzewo Jessego” jest rzadkością na skalę europejską.